Регистрация в военкомате

Добрый день.

С одной стороны, все вопросы, связанные с военкоматом (например, повторное прохождение ВЛК) - нужно решать с военкоматом по месту прописки.
С другой стороны, есть требование в случае физического пребывания в какой-то области более N дней, зарегистрироваться в военкомате по месту пребывания.
Я правильно понимаю, что если я приду в новый военкомат, например, с договором про аренду квартиры в этой области, и зарегистрируюсь там - то все последующие вопросы нужно будет решать с новым военкоматом? Или ключевые вещи (в моем случае - повторное прохождение ВЛК) решаются все-таки по месту прописке, где хранится мое дело? Что вообще значит эта "регистрация"?

Спасибо за ответ.