Оплата счёта без НДС бюджетной организацией-есть ли запрет или трудности для бухгалтерии

подскажите, пожалуйста, есть ли запрет на оплату комплектации по счету без НДС для бюджетных организаций?
Если запрета нет, то в чем трудность для бухгалтерии или планового отдела в проведении/оплате такого счета?

Иногда необходимую комплектацию, на которую продавец может выписать счет только без НДС, приходится покупать за свои средства.
Бывает, что цена комплектации с НДС более чем в 2 раза дороже, чем у другого продавца без НДС.
Спасибо.